Предварительно установите пароль пользователю root
.
su root
echo '* soft nofile 100000' >> /etc/security/limits.conf
echo '* hard nofile 100000' >> /etc/security/limits.conf
echo 'session required pam_limits.so' >> /etc/pam.d/common-session
После этого переподключитесь по SSH:
exit
vagrant ssh