По умолчанию Vagrant хранит свои настройки в домашнем каталоге.
Мне, однако, намного проще контролировать настройки Vagrant когда они расположены в том же месте, где и осталные файлы Vagrant.
Поэтому я установил Vagrant в папку C:\tools\vagrant, а местом хранения настроек указал подпапку C:\tools\vagrant\settings.
Задать место хранения настроек Vagrant можно переменной среды VAGRANT_HOME.
В Windows 7 это можно сделать с командной строки посредством команды setx:
setx VAGRANT_HOME <папка для настроек>
Например:
setx VAGRANT_HOME "C:\tools\vagrant\settings"
Эта команда записывает переменную среды в реестр Windows: таким образом, переменная среды сохраняет своё значение между сеансами работы с консолью, в отличие от команды set.